Il Comitato Scientifico è stabilito in concordanza con l’art. 24 dello Statuto dell’I.N.F.N. e le sue funzioni sono specificate dalla delibera n. 5170 (e successive modifiche e integrazioni) del Consiglio Direttivo. 
Il suo obiettivo è esprimere opinioni e proposte al Direttore sulle direttive scientifiche dei Laboratori, sugli esperimenti e la loro approvazione, considerando le risorse disponibili, lo spazio sotterraneo e la durata in base alle disposizioni del Direttore.
 Il Comitato è composto da personalità scientifiche scelte tra la comunità internazionale e nazionale, ed è nominato dal Presidente dell’I.N.F.N. su proposta del Direttore dei L.N.G.S. previa disposizione del Consiglio Direttivo. 
I membri del Comitato sono in carica per tre anni e generalmente possono essere rinominati per una seconda carica solo una volta.

L’attuale composizione del Comitato Scientifico è la seguente: